全轉錄組即特定細胞或組織在某一功能狀態(tài)下轉錄產(chǎn)物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全轉錄組測序可對同一個(gè)樣品同時(shí)進(jìn)行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的單獨分析,還可進(jìn)行多種 RNA聯(lián)合分析以及內源競爭性 RNA 整合分析,分子標記篩選等,探究其潛在的調控網(wǎng)絡(luò )機制,揭示轉錄調控問(wèn)題。主要應用于免疫機制、疾病領(lǐng)域、發(fā)育進(jìn)化、致病機理和藥物靶標等方面的研究。
全轉錄組測序方案設計:
全轉錄組是轉錄組測序的解決方案,對一份樣品建兩個(gè)文庫,獲取 4 種 RNA 的測序結果進(jìn)行分別分析與聯(lián)合分析,并對 LncRNA 與 CricRNA 這類(lèi)具有 microRNA 結合位點(diǎn)的非編碼 RNA 進(jìn)行 ceRNA 分析,深度挖掘基因功能及調控機制,解析 RNA 分子間調控模式。每一組樣品建議至少 6 個(gè)生物學(xué)重復。
實(shí)驗流程路線(xiàn):
分析內容:
樣本要求:
物種 | 最低樣品量 | 建議提供樣品量 |
動(dòng)植物組織 | 組織鮮重0.6g,只記有效組織細胞重量 | 組織鮮重1.8g,只記有效組織細胞重量 |
真菌 | 菌體、菌絲、孢子粉等濕重0.6g | 菌體、菌絲、孢子粉等濕重1.8g |
動(dòng)植物和酵母細胞 | 2×107 | 6×107 |
新鮮血液(抗凝) | 0.75ml | 2.25ml |
類(lèi)型 | 物種 | 目標RNA | RNA濃度 | RNA總量 |
真核 | LncRNA、mRNA、miRNA、circRNA | 200ng/μl | 10ug |