TCGA、NCBI GEO、NCBI SRA、EBI ArrayExpress等是含有高通量數據的數據庫,其中TCGA是一個(gè)非常權威的、數據量巨大的、組學(xué)豐富的、免費的癌癥公共數據庫。我們可以基于它進(jìn)行很多挖掘分析,獲得很多結果。
常用的再挖掘分析有:
① GEO或者TCGA數據分析
② GEO和TCGA數據聯(lián)合分析
③ DNA、RNA組學(xué)聯(lián)合分析
④ RNA、蛋白質(zhì)組學(xué)聯(lián)合分析
案例1:GEO和TCGA分析、樣本驗證

案例2: GEO、TCGA的多數據集的交叉差異分析